مقالات

ابزار جدید معادلات علمی حقایق پروتئین فیوژن را استخراج می کند

مقالات علمی با ترجمه مستقیم سایت بزرگ دنیای خوب زندگی

ابزار جدید معادلات علمی حقایق پروتئین فیوژن را استخراج می کند

ProtFus تعامل پروتئین را از همجوشی با استفاده از متن کاوی می یابد. اعتبار: Tagore et al.، Pcbi.1007239.

یک ابزار جدید محاسباتی به نام ProtFus به بررسی ادبیات علمی می پردازد تا اعتبار پیش بینی های مربوط به فعالیت پروتئین های فیوژن را – پروتئین های کدگذاری شده با ترکیب دو ژن که قبلاً دو پروتئین جداگانه رمزگذاری شده بودند – تأیید کند. سومنات تاگور در آزمایشگاه Fraenkel Morgenstern در دانشگاه بار ایلان ، اسرائیل ، و همکارانش در حال حضور هستند زیست شناسی محاسباتی PLOS.

انواع مختلفی از پروتئین های فیوژن می توانند به طور طبیعی در بدن انسان بوجود آیند و بعضی اوقات منجر به سرطان می شوند. درک تعامل بین فیوژن و پروتئین های دیگر می تواند به بهبود درمان سرطان شخصی کمک کند. با این حال ، تعداد مقالات علمی پیرامون این تعامل ها به سرعت در حال رشد است و هیچ قالب استاندارد برای تهیه این اطلاعات وجود ندارد. بنابراین سازماندهی و رعایت این دانش یک چالش اساسی است.

ProtFus با استفاده از استراتژی های محاسباتی – مانند کاوی متن و یادگیری ماشین – این چالش را برای تحلیل ادبیات علمی از موتور جستجوی آنلاین PubMed برطرف می کند. این پروتئین قادر به شناسایی پروتئین های فیوژن است که ممکن است نام های مختلفی را طی کنند و می توانند تعامل های تجربی تأیید شده بین پروتئین های فیوژن و سایر پروتئین ها را شناسایی کنند. پروتفوس هنگامی که به مجموعه آزمایشی 1817 پروتئین فیوژن اعمال می شود ، 2908 اثر متقابل در 18 سرطان را که در متون علمی PubMed منتشر شده بود ، شناسایی کرد.

ProtFus همچنین به ابزاری که پیش از این توسط محققان ساخته شده بود ، تکیه می کند تا بر اساس خاصیت شناخته شده پروتئین والدین خود ، برهم کنش پروتئین فیوژن خاص را پیش بینی کند. ProtFus پروتئین فیوژن مورد علاقه را به خود اختصاص می دهد ، از ابزار قبلی توسعه یافته (Chimeric-Protein-Interactions یا ChiPPI) برای پیش بینی تعامل آن استفاده می کند و سپس این تعامل را از طریق جستجوی PubMed اعتبار می دهد.

دکتر ملانا فرنکل مورگنسترن ، نویسنده مصاحبه می گوید: "یافته های ما نشان می دهد که متون مقالات علمی در مقیاس بزرگ با استفاده از زیرساخت جدید داده های بزرگ و با به روزرسانی در زمان واقعی مقالات منتشر شده در روز ، استخراج می شوند." "پروتفوس می تواند مطالعه تغییرات در شبکه های پروتئین برای بیماران مبتلا به سرطان فردی را به روشی کاملاً شخصی ترغیب کند" ، تاگور ، نویسنده سابق و فوق دکتری سابق در شرایط آزمایشگاهی (در حال حاضر بعد از دکتری در دانشگاه کلمبیا ، نیویورک) را برجسته می کند.


ساختار پروتئینی جدیدی که به ویروس های دارای غشای چربی کمک می کند وارد سلولهای شناسایی شده شوند


اطلاعات بیشتر:
Tagore S ، Gorohovski A، Jensen LJ، Frenkel-Morgenstern M (2019) ProtFus: یک روش جامع در تعامل پروتئین-پروتئین پروتئین های فیوژن. PLoS Comput Biol 15 (9): e1007239. doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007239

ارسال شده توسط
کتابخانه عمومی علوم




استناد:
ابزار علمی جدید برای متون علمی حقایق پروتئین فیوژن (2019 ، 22 اوت)
برگرفته در 22 آگوست 2019
از https://phys.org/news/2019-08-tool-sledgeledge-texts-fusion-protein.html

این سند مشمول حق چاپ است. جدا از هرگونه معاملات منصفانه به منظور مطالعه و تحقیق خود ، خیر
بخشی را می توان بدون اجازه کتبی تکثیر کرد. محتوا فقط برای اهداف اطلاعاتی ارائه می شود.

نوشته های مشابه

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

بستن